Samusova priča nastavlja se nakon događaja iz igre Metroid Fusion kada se spušta na planetu ZDR kako bi istražila misteriozni prenos poslat Galaktičkoj federaciji.

Daleku planetu preplavili su opaki vanzemaljski oblici života i hladne mehaničke pretnje.

Samus je spretnija i sposobnija nego ikad, ali može li da prevaziđe neljudsku pretnju koja vreba dubine ZDR-a?